История населения Памиро-Гиндукушского региона интересна своим исключительным лингвистическим разнообразием и мозаичностью. Но также и тем, что этот регион, будучи в стороне от магистральных переселенческих потоков, тем не менее имел очень интересные и необычные связи с другими регионами Евразии, а его сложный этнолингвистический ландшафт может отражать наложение древних миграционных процессов.

Современное население Памира и Гиндукуша близко населению Пакистана и ираноязычным популяциям Средней Азии. Языковые и популяционные границы не всегда соответствуют друг другу в этом регионе. Причем, несмотря на свою языковую обособленность, дардоязычные группы и буриши ближе равнинным популяциям Пакистана (включая пенджабцев и синдхов, и даже пуштунов). Популяции, говорящие на памирских языках, уклоняются в сторону ираноязычных групп Средней Азии (к таджикам и ягнобцам). Среди прочих групп региона несколько отличаются балти, включающие заметную примесь со стороны населения Тибетского нагорья, и дардоязычные калаши, сохраняющие в своем генофонде древний субстратный компонент, в большей степени выраженный, чем у прочих групп. Буриши же, несмотря на изолированный генетический статус своего языка, не обособлены в популяционном отношении от дардоязычного населения.

Согласно данным и древней и современной ДНК, популяционно-генетическая основа генофонда современного населения Памира и Гиндукуша сформировались в период переселения в этот регион индоиранских групп. До того здесь (согласно данным мезолитического слоя могильника Туткаул-1) обитало другое население, в генофонде которого преобладал компонент ANE — древних обитателей Северной Евразии (Ancient North Eurasian). Древнесевероевразийцы составляли основу палеолитического населения Сибири и отчасти Центральной Азии. К этой же категории относились представители прибайкальского могильника Мальта возрастом 24 тыс. лет, Афонтовой Горы возрастом 18 тыс. лет из бассейна Енисея. Лучше всего этот компонент сохранился в генофонде калашей.

После переселения ираноязычного индоиранского населения в регион Памира и Гиндукуша и освоения им горных районов предки памирцев дополнительно впитывали в течение 3 тыс. лет популяционный поток из Синьцзяна (не затронувший персоязычных таджиков и популяции Гиндукуша). 

Разноязычные популяции Гиндукуша (в особенности балти) испытали два этапа генетического влияния населения Тибета. В первые века н. э. оно затронуло буришей и кхо, а на рубеже I и II тыс. н. э. охватило предков балти. У балти оно было более интенсивным и сопровождалось сменой языка на тибетский идиом.

Ягнобцы имеют общий генезис с таджиками, но не памироязычными группами. Киргизы — поздние переселенцы в горный регион.